I Salesiani sono arrivati ad Este per intervento diretto di don Bosco il 10 ottobre 1878, grazie all’attiva promozione di don Agostino Perin, del benefattore Benedetto Pelà e con la benedizione dell’allora vescovo di Padova mons. Federico dei marchesi Manfredini. Don Bosco era conosciuto e ammirato ad Este e nel Veneto ben prima della venuta dei Salesiani. Un folto numero di sostenitori e benefattori, che don Bosco chiamava Cooperatori salesiani, lo ha aiutato a portare avanti le sue opere a favore della gioventù. 

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Don Bosco è venuto di persona al “Manfredini” di Este il 2 aprile 1879, e vi si fermò per alcuni giorni.

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L’attività educativa e scolastica del “Manfredini” ha avuto inizio nell’antica villa “Ca’Pesaro”, il 19 novembre 1878, con alcune classi di scuola elementare e ginnasiale. Gli alunni venendo da lontano hanno potuto usufruire della ospitalità del Collegio.Con il crescere delle attività educative e scolastiche, come numero e importanza, sono stati necessari successivi ampliamenti edilizi intorno alla villa Pesaro.

Nel 1922 si è aggiunto anche il Noviziato salesiano per l’Ispettoria delle Tre Venezie che è stato attivo fino al 1947. L’attività scolastica si è ampliata in breve tempo, aggiungendo alle scuole elementari e ginnasiali (riconosciuti legalmente dal 25 aprile 1929), il Liceo classico (dal 1944, riconosciuto ufficialmente nel 1950), e passato poi allo scentifico, nel 1967. 

La generale stima per la serietà scolastica e l’impegno educativo, sono stati premiati con la Medaglia d’oro dei “benemeriti della scuola e della cultura”, conferita al “Manfredini” dal Ministro della Pubblica Istruzione, il 26 aprile 1958.